Spy x Family segue Twilight, una spia di prim'ordine che deve creare una famiglia fittizia per avvicinarsi a un politico pericoloso. Adotta Anya, una bambina che può leggere le menti, e sposa Yor, un'assassina che cerca di nascondere la sua identità. Nessuno dei tre conosce i segreti degli altri, creando una commedia di errori mentre cercano di mantenere le loro coperture e completare le rispettive missioni.
Questa commedia d'azione Spy x Family combina elementi di spionaggio con dinamiche familiari improbabili. Ciò che la distingue è il perfetto equilibrio tra umorismo generato dalle segreti reciproci e momenti di genuino affetto che si sviluppano tra i tre protagonisti mentre formano legami improvvisi.